Kisah Thriller Bark
Kru Topi Jerami kembali berlayar setelah berhasil meloloskan diri dari Wakil Admiral Monkey D. Garp (Kakek Luffy) dan Admiral Aokiji. Mereka bertemu dengan Brook, tengkorak yang diketahui hidup kembali karena kekuatan buah Yomi Yomi, Luffy menginginkan agar Brook menjadi anggotanya. Brook pun sebenarnya juga ingin menjadi anggota Topi Jerami, tetapi karena bayangannya telah dicuri, Brook tidak bisa keluar dari Floriant Triangle, jika Brook terkena sinar matahari dia akan terbakar atau mati. Kemudian, mereka terperangkap di kapal raksasa bernama Thriller Bark yang merupakan kapal bajak laut yang terbesar buatan gecko moria. Setelah Nami, Usopp, dan Chopper disandera, Luffy malah biasa saja. Mereka menemui banyak Zombie di Thriller Bark. Mereka bertemu Dr. Hogback, dokter yang dikenal telah berjasa besar dalam dunia bedah,Perona sang putri zombie kejutan. Dan akhirnya mereka mengetahui kalau semua zombie di Thriller Bark adalah ciptaan Dr. Hogback dengan bantuan Geckou Moria, salah seorang Shichibukai yang memiliki kekuatan buah Kage Kage untuk mengendalikan bayangan manusia dan bayangan itu dijadikan sebagai penggerak Zombie. Anggota Topi Jerami yang terpencar satu persatu harus menghadapi anak buah Geckou Moria. Sementara itu Odz, iblis raksasa 500 tahun yang lalu, akan dihidupkan kembali oleh Moria dengan mengunakan bayangan milik Luffy, juga Shichibukai lain, Bartholomew Kuma, datang untuk bertemu Moria dan membunuhnya.
Kisah Shabondy Archipelago
* Cerita Pengendara Ikan terbang
Setelah meninggalkan Florian Triangle, Luffy melanjutkan perjalanan menuju Pulau Manusia Ikan, di tengah perjalanan, di seberang Red Line, mereka bertemu Caimie, seorang duyung yang meminta tolong untuk menyelamatkan Hatchan, temannya yang diculik oleh Flying Fish Riders. Sementara itu, pemimpin Flying Fish Riders memiiki dendam pada salah seorang anggota kelompok topi jerami. Tobiuo riders pada akhirnya berganti nama menjadi Jinsei Barairo riders.
* Menuju Shabondy Archipelago
Setelah menyelamatkan Hatchan, mereka disarankan menuju Kepulauan Shabondy, agar bisa mendapatkan coating atau sesuatu alat penyelam untuk kapal agar dapat menuju Pulau Manusia Ikan. Sementara Shabondy adalah tempat wisata yang mengerikan karena dipenuhi oleh Penculik, Penjahat dan bajak laut kelas tinggi, dan Tenryuubito, para keturunan Raja-raja pendiri Pemerintah Dunia yang menganggap diri mereka suci. Tak ada yang berani melawan mereka. Bila ada yang berani melukai Tenryuubito, Admiral angkatan laut akan datang membawa satu brigadir pasukan untuk menghukum pelaku. Disana juga menjadi tempat berkumpulnya 11 orang bajak laut baru dengan harga buruan tertinggi termasuk kelompok Luffy, Para 11 Supernova.Mereka Semua adalah orang-orang yang ingin menuju New World.
* Kekacauan di Shabondy Archipelago
Kepulauan Shabondy masih menyimpan sejarah hitam masa lalu, yaitu diskriminasi pada manusia ikan dan mermaid (dianggap sebagai ikan, bukan manusia). Akibatnya di Shabondy, Manusia Ikan dan Mermaid bebas untuk ditangkap dan dijual sebagai budak. Caimie ditangkap dan dijual di Lelang budak, dan dibeli oleh salah satu Tenryuubito, Charlos. Luffy yang marah besar akhirnya menghantam Charlos sampai pingsan. Keadaan juga dipertegang dengan kenyataan bahwa Angkatan Laut memutuskan untuk memenggal Ace, yang berarti pernyataan perang kepada kelompok Bajak Laut Whitebeard.Tidak lama kemudian Angkatan Laut menyergap tempat Lelang Budak dan menunggu kedatangan salah seorang admiral angkatan laut.Merekapun bertempur dengan angkatan laut yang sudah masuk,dan berusaha untuk membebaskan camie.Tapi mereka yang mengetaui bahwa ratai yang di tubuh Camie bisa meledak kapan sajapun menjadi bingung.Di tengah kebingungan munculah Sang Bajak Laut Legendaris "Dark King Silver Rayliegh" yang ternyata adalah kru pertama sekaligus tangan kanan Sang Raja Bajak Laut "Gold D Roger".Rayliegh lalu menggunakan kekuatan misterius dan meledakkan rantai di tubuh Camie tanpa melukai Camie.Luffy yang meminta Rayliegh untuk melapisi kapalnya agar bisa menyelam ke bawah laut dan menuju New World di minta untuk menunggu selama 3 hari.Luffy yang tidak sabar berjalan-jalan dengan krunya.Di tengah jalan mereka menemui Salah satu kloning Kuma(Kuma memiliki banyak kloning).Di sisi lain para Supernova lainnya kalah melawan salah satu Admiral Anggkatan Laut "Kizaru" yang memiliki kekuatan buah iblis Pika Pika yang berarti cahaya.Setelah berhasil mengalahkan kloning Kuma datang lagi kloning Kuma yang lain dengan Sentomaru dan kemudian menyusul Kizaru.Di tengah kebingungan datanglah Rayliegh melawan Kizaru.Di tengah pertempuran datang Kuma yang asli lalu menghilangkan kloningnya dengan menggunakan jurus aneh.Lalu semua kru Topi Jeramipun terkena jurus yang sama.Dan pertempuran di Shanbody Archipelagopun di menangkan oleh pihak angkatan laut.
Kisah Isle of Woman
Setelah terkena jurus kuma Luffy ternyata terlempar dan terbang di langit selama berhari-hari.Lalu Luffypun terdampar di pulau wanita yang di pulai itu tidak ada laki-laki sama sekali.Luffy yang terlempar berhari-hari merasa lapar dan memakn apa saja yang di lihatnya.Sampai Luffy memakan jamur yang dapat membuat tumbuhnya jamur di tubuh sang pemakan jamur itu.Luffy yang tubuhnya telah di penuhi jamur di selamatkan oleh salah satu penduduk yang ada di pulau itu.Ketika penduduk sadar bahwa Luffy adalah laki-laki merekapun menjebloskan Luffy ke dalam penjara.Lalu ketika pasukan di pulau itu tiba,Luffy diserang tiba-tiba.Luffypun kabur sampai jurang.Di tengah pertempuran Ratu di pulau itu pun tiba.Ratu itu bernama Boa Hancock yang kemudian diketahui bahwa dia adalah salah satu Shichibukai.Hancock yang menyadari keberadaan Luffy menyuruh kedua adik nya bertempur dengan Luffy.Tetapi kedua adik Hancock kalah oleh Luffy.Hancock yang jatuh cinta kepada Luffy akhirnya menceritakan masa lalunya.Ketika Luffy mengetaui bahwa Ace akan dieksekusi dalam 1 minggu lagipun meminta Hancock yang seorang Shichibukai membantunya untuk menyusup ke Impel Down.Hancock yang jatuh cinta kepada Luffy menurutinya,dan merekapun berangkat menuju Impel Down untuk menyelamatkan Ace.
Kisah Kru Topi Jerami
* Kisah Zoro
Zoro yang terlempar oleh Kuma mendarat di Pulau Kuraigana Reruntuhan Kerajaan Shikkearu yang juga ditempati Perona yang juga terlempar oleh Kuma di Thriller Bark.Zoro kemudian dirawat oleh Perona,dan ketika siuman Zoro berteriak dan menanyakan di mana pedangnya.
* Kisah Nami
Nami yang terlempar oleh Kuma tiba di Pulau Langit Weatheria tempat di mana para ilmuan belajar cara cuaca dibuat.
* Kisah Usopp
Usoop yang terlempar oleh Kuma tiba di Pulau Boin tempat di mana satu-satunya Bunga mekar di laut.
* Kisah Sanji
Sanji yang terlempar oleh Kuma sampai di Pulau Momorio yang adalah Kerajaan Kamabakka menganggap bahwa dia berada di neraka.
* Kisah Chooper
Chooper yang terlempar oleh Kuma berada di South Blue di Pulau Harta Karun di mana burung memerintah manusia di sebut juga Kerajaan Torino.
* Kisah Robin
Robin yang terlempar oleh Kuma berada di Negara Bridgetop "Tequila Wolf" dan di jadikan budak untuk membangun jembatan.
* Kisah Franky
Franky yang terlempar oleh Kuma terdampar di Pulau Salju Kerajaan Masa Depan Barjimoa.
* Kisah Brook
Brook yang terlempar oleh Kuma terjatuh tepat di perapian di Pulau Namakura Tanah Kemiskinan Herahettania yang sedang melakukan ritual.
Kisah Impel Down
* Pencarian Ace
Hancock dan Luffy yang sembunyi di balik jubah Hancock yang sampai di Impel Down di sambut oleh angkatan laut.Sebelum menuju penjara bawah tanah,Hanconk diharuskan melakukan pemeriksaan.Saat diperiksa Hancock membatukan penjaga dan kamera lalu Luffy keluar dan bersembunyi di langit-langit.Lalu Luffy masuk ke dalam penjara level 1 dan mencari jalan menuju tempat Ace.Di tengah pencarian Luffy bertemu dengan Buggy yang sedang kabur.Luffy menghajar semua penjaga,lalu Buggy ikut dengan Luffy menuju level 2.Di level 2 mereka bertemu dengan Mr.3.Buggy dan Mr.3 yang berniat meninggalkan Luffy dan kabur jatuh ke level 3 karena lantai penjara runtuh.Di level 3 mereka bertemu dengan Mr.2. setelah menghadapi berbagai macam halangan monster penjaga, Luffy dan Mr.2 (yang dengan rela membantu Luffy untuk pergi ke level 5) tiba di level 4 bersama dengan Bugy dan Mr.3 yang tanpa sengaja ikut jatuh ke level 4. disana mereka langsung dihadang oleh ketua penjaga Impel Down, Magelan.
